Justamente en el "Globo" se consagró campeón en 1973, y en 1974 llegó a la semifinal de la Copa Libertadores. A raíz del buen desempeño que registró allí fue que la AFA lo designó entrenador de la selección nacional.

El titular de la máxima institución futbolística de esa época, David Bracuto, le ofreció a Menotti ser el nuevo técnico (reemplazó a Vladislao Cap, que realizó un pésimo Mundial en Alemania 1974), lo que aceptó con varias condiciones.
Entre ellas se destacó la que buscaba preservar a los jugadores para poder conformar el plantel que iba a jugar en el Mundial Argentina 1978, por lo que todos los menores de 25 años no debían ser vendidos a clubes del exterior.
El rosarino debutó en la dirección del seleccionado "albiceleste" el 12 de octubre de 1974 en un partido amistoso ante su par de España. Allí comenzó un largo ciclo que incluyó el primer Mundial obtenido por el equipo nacional en 1978.
Luego, en el siguiente Mundial, el de España 82 (el país afrontó simultáneamente la Guerra de Malvinas) fue un fracaso rotundo y marcó el final del ciclo del "Flaco" en la selección.
Pero el permaneció en tierras ibéricas y se hizo cargo de la conducción de Barcelona durante la temporada 1983-1984.
Después, en 1986-1987 se desempeñó en Boca Juniors, donde llegó al cuarto lugar en el Campeonato Nacional 86-87.
Durante el período 1987-1988 arribó a Atlético de Madrid, club al que colocó en el tercer lugar de la Liga española de fútbol en esa temporada.
En 1988-1989 llegó a River Plate, al que lo ubicó en el cuarto puesto del torneo de ese año.
La siguiente etapa la desarrolló en Uruguay, cuando comandó los destinos de Peñarol de Montevideo, equipo al que clasificó en 1990-1991 en el tercer lugar del torneo "Oriental".
Ya en 1991-1992 recaló en la selección mexicana, proyecto que se truncó por problemas internos en la Federación local.
Después, en el período 1993-1994 retornó al club "xeneize", donde pasó sin pena ni gloria.
Independiente de Avellaneda lo incorporó para el ciclo 1997-1999, pero allí tampoco consiguió logros trascendentes.
Retornó a su Rosario natal en 2002 para conducir los destinos de Rosario Central, donde logró que llegara segundo de su grupo en la Copa Libertadores, y fue eliminado en octavos de final ante Corinthians de Brasil (por penales).
Volvió a Independiente en 2005, pero allí no registró tampoco hechos destacados.
En la última etapa de su carrera intentó suerte otra vez en tierras mexicanas, donde primero en recaló en 2006, en Puebla y luego cerró su etapa de entrenador en el Tecos Fútbol Club, en 2007. En 2018 quedó a cargo del programa internacional de instrucción a entrenadores a través de Internet, ocupando el mando en el área sudamericana. Desde el 1 de febrero volverá a "su casa", la selección argentina, para que esta "vuelva a ser".