En aquella ocasión, el objetivo fue una de las torres gemelas falleciendo seis personas y resultando heridas otras 1.000. La explosión, llevada a cabo con una bomba cargada con 600 kilos de dinamita oculta en una rampa de acceso al aparcamiento subterráneo, provocó un cráter de unos 30 metros de diámetro y unos 60 de profundidad, desatando un incendio.

También destruyó los seis niveles de subsuelo de los dos rascacielos más altos de Nueva York. Poco después se derrumbó el techo de la estación de trenes que cubren el trayecto entre Nueva York y el vecino estado de Nueva Jersey, provocando pánico y desolación: desfile de camillas y ambulancias, niños bloqueados en ascensores invadidos por el humo, decenas de helicópteros posándose en los techos de las torres para evacuar a la gente enloquecida, prisionera en sus oficinas, algunas de los cuales rompían las ventanas para poder respirar.
Ese día, unas 55.000 personas estaban en la torre sur en el momento del atentado. Rápidamente, las investigaciones se dirigieron hacia los medios islámicos y el FBI identificó a los culpables. En mayo de 1994 cuatro activistas islámicos integristas fueron condenados a un total de 240 años de cárcel por ese atentado, que luego fue imputado a la red terrorista que dirigía el jeque Omar Abdel Rahman, guía espiritual de una organización clandestina integrista egipcia.
El 1 de octubre de 1995, al cabo de un juicio de nueve meses, el líder espiritual de la Jamaa Islamiya, fue hallado culpable de la mayor conspiración territorista en la historia de Estados Unidos, por la cual, desde enero de 1996 cumple una pena a cadena perpetua. En enero de 1998, otro activista islámico, Ramzi Yussef, fue hallado culpable de haber organizado el atentado, y condenado también a cadena perpetua.