Después de las derrotas de Vilcapugio y Ayohuma, (1813) Belgrano se retiró hacia el sur, pero los gobernadores que él había nombrado en el Alto Perú, continuaron hostilizando al enemigo, impidiéndole así invadir el Norte argentino. Arenales que estaba auxiliado por los indígenas, no pudo sostenerse en Cochabamba y trató de establecer contacto con Warnes, gobernador de Santa Cruz de la Sierra. Luego logró una importante victoria en la Florida (de ahí el nombre de nuestra calle céntrica en Buenos Aires). Después de varios meses logró unirse a las fuerzas de Rondeau.

Pezuela se retiró de Salta por la victoria de la Florida y porque desistió de atacar a Tucumán cuando se enteró de la rendición de Montevideo. Belgrano continuaba retirándose y cuando llegó a Yatasto (30 de enero de 1814) entregó el mando a San Martín.
Fue el encuentro de dos héroes que en todo momento supieron renunciar a cualquier halago personal con tal de servir a la patria. No se encontraban atados a intereses políticos, su único horizonte era lograr la libertad del país. Por eso Belgrano entregó el mando tan sencillamente y por eso también San Martín fue su primer admirador. El vencedor de Tucumán quedó como jefe de regimiento dentro del ejército de San Martín, ambos se complementaban; el segundo conocía la táctica militar y el primero el país donde actuaban.
San Martín reorganizó el ejército tomando como modelo el cuerpo de Granaderos a Caballo y creó una Academia para los jefes y un campo fortificado: la Ciudadela. Distinguió a Dorrego, que después de Vilcapugio y Ayohuma había sido reincorporado al ejército, por considerarlo un buen militar, pero éste durante una sesión en la Academia cometió una falta de disciplina contra Belgrano, siendo castigado con el destierro a Santiago del Estero.
El creador de la bandera fue procesado por el gobierno a raíz de sus recientes derrotas y debió trasladarse a Buenos Aires> pese a los pedidos hechos en su favor. Enfermo de cuerpo y de espíritu llegó a la Capital, siendo su causa finalmente sobreseída. A fines de ese año fue enviado a Europa junto con Rivadavia en misión diplomática.