El español Daniel Nieto, a los 33 minutos del segundo tiempo, marcó el gol de la victoria y la clasificación para el conjunto ecuatoriano, que se benefició con el gol de visitante que marcó en la derrota por 2 a 1 en el encuentro de ida, disputado en Avellaneda.
El "Rojo" terminó con diez hombres por la expulsión de Nicolás Figal, a los 45 minutos del complemento.
Independiente del Valle enfrentará en semifinales al vencedor de la eliminatoria que disputarán a partir de la semana que viene (22 y 29 de agosto) los brasileños Fluminense y Corinthians.
En el arranque del juego, el ímpetu de los locales por lograr la paridad de la serie desnudó varias imprecisiones ofensivas y descuidos defensivos, que el linajudo de Avellaneda supo manejar con más aplomo y experiencia.
Ordenado en el fondo, con una línea defensiva de tres y hasta cinco hombres, los dirigidos por el timonel Sebastián Beccacece se dieron cuenta que también podrían arriesgar al ataque y el ariete Francisco Pissini empezó a inquietar el pórtico del ecuatoriano Jorge Pinos.
Entre sustos, los rayados se despertaron con su mejor arma de toda la competencia: la velocidad de sus extremos, esta ocasión con Jhon Sánchez y Cristian Dájome, quienes comenzaron a desequilibrar el esquema defensivo argentino.
A la media hora, las acciones se habían equilibrado, el trámite se volvió de ida y vuelta, pues los rojos aguardaban pero salían presurosos en contragolpe con Cecilio Domínguez.
Los ecuatorianos, por su parte, insistían por las franjas, con desborde y velocidad, buscando descarga rápida al medio y con arremetidas que provocaron varios tiros de esquina.
Frente a esas incursiones, en el rey de copas argentino comenzó a erigirse en figura el portero Martín Campaña, siempre bien ubicado y sin dejar rebotes, para mantener el cero que por momento permitía la clasificación.
 El volante Martín Benítez apareció al inicio del segundo período para refrescar las ideas creativas de los visitantes, pero los anfitriones no estaban para ceder la iniciativa.
Los ecuatorianos se lanzaron con todo por el gol del desequilibrio y el asedio fue empujando al once rojo a su propio arco, por lo que el trámite del juego era más constante sobre el área visitante, con Campaña destacando por su acertado desempeño.
Cerca de la hora de juego, Nieto saltó al campo para mejorar el enlace con los atacantes y a los 78 minutos se consagró en el salvador de su equipo al empujar un balón al arco rival, luego de un pase de Sánchez que llegó hasta el fondo eludiendo con velocidad a los defensores.
Para entonces el estratega español Miguel Ángel Ramírez, de los del Valle, ya tenía más atacantes que defensores, por lo que insistió en liquidar el pleito con otro tanto, pero el ariete Alejandro Cabeza falló a la hora de anotar la segunda conquista, la que hubiera dado la tranquilidad absoluta para el anfitrión.
El drama se instaló en los minutos finales, con los argentinos agotados por el trajín sobre la altura de Quito (de 2.850 metros) pero desesperados por lograr el empate, y a la inversa los locales contragolpeando, hasta que el árbitro chileno Roberto Tobar dispuso el final del juego, tras cinco largos minutos de compensación.
Los de Avellaneda se despidieron así de la Copa Sudamericana, certamen que conquistaron en 2010 y 2017.
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Síntesis del partido:
Copa Sudamericana 2019 - Cuartos de final - Partido de vuelta.
Independiente del Valle 1 - Independiente 0.
Estadio: Olímpico Atahualpa (Quito).
Árbitro: Roberto Tobar (Chile).
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Independiente del Valle: Jorge Pinos; Luis León (Angelo Preciado 64), Richard Schunke, Anthony Landázuri (Alejandro Cabeza 77), Luis Segovia - Cristian Dajome, Cristian Pellerano, Franco Palma, Efrén Mera (Dani Nieto 58), Jhon Sánchez - Gabriel Torres.
DT: Miguel Ángel Ramírez.
Independiente: Martín Campaña - Jorge Figal, Alan Franco, Gastón Silva, Juan Sánchez Miño - Fabricio Bustos (Silvio Romero 83), Pablo Pérez, Nicolás Domingo (Andres Roa 79), Cecilio Domínguez (Martín Benítez 50) - Sebastián Palacios, Francisco Pizzini. DT: Sebastian Beccacece.
Gol en el segundo tiempo: 33m Nieto (IDV).
Cambios en el segundo tiempo: 5m Martín Benítez por Domínguez (I); 13m Daniel Nieto por Mera (IDV); 19m Angelo Preciado por León (IDV); 32m Alejandro Cabeza por Landázuri (IDV); 34m Andrés Roa por Domingo (I); 38m Silvio Romero por Bustos (I).
Incidencia en el segundo tiempo: 47m expulsado Figal (I).
Amonestaciones:
Independiente del Valle: León (19ST), Palma (45ST).
Independiente: Figal (13PT), Palacios (35ST).