En 1861, cuando los Balcarce San Martín se mudaron a Brunoy, en las afueras de París, la hija del prócer resolvió llevar con ellos el féretro de su padre para que fuera ubicado en la bóveda de la familia. Y comenzó a plantearse el tema del traslado de los restos a la Argentina, cumpliendo con la voluntad póstuma del militar, ya que en su testamento había expresado: ?Desearía que mi corazón fuese depositado en el de Buenos Aires?.

El 25 de febrero de 1878, centenario del nacimiento del prócer, se realizó un tedeum en la Catedral porteña que concluyó con la colocación de la piedra fundamental del mausoleo donde descansarían los restos, encargado al escultor francés Auguste Carrier Belleuse. Avellaneda, Mitre, Quintana y el obispo Aneiros, entre otros, participaron del acto simbólico colocando mezcla en la obra con una cuchara de plata.
El 21 de abril de 1880, el ataúd fue transportado de Brunoy a París (35 kilómetros), donde se lo cargó en un tren especial rumbo al puerto de El Havre. Una vez en la ciudad portuaria, lo depositaron en forma transitoria en la Catedral, antes de embarcarlo en el Villarino, un buque de guerra que había sido encargado a un astillero británico.
El Villarino soltó amarras el 22 de abril y arribó a Montevideo el 20 de mayo. Fue recibido con una salva de 21 cañonazos. Una carroza tirada por seis caballos llevó el féretro a la Catedral, cubierto por las banderas de Uruguay, Chile, Perú y la Argentina. Cuando partió por la tarde, la banda militar uruguaya ejecutó el Himno Nacional Argentino, mientras que desde el Villarino, los músicos argentinos interpretaron la canción patria de Uruguay.
Durante una semana, el buque se mantuvo en la costa de Catalinas (en esa época, la playa llegaba hasta lo que es hoy la plaza Fuera Aérea, vecina de la estación Retiro), escoltado por decenas de buques de la Armada. El 28 de mayo tuvo lugar la ceremonia principal. Los integrantes de la Comisión de Repatriación colocaron la bandera del Ejército de los Andes sobre el ataúd, más dos coronas: una con palmas de Yapeyú (ciudad natal del prócer) y otra con gajos de pino de San Lorenzo (bautismo de fuego de los Granaderos a Caballo). El cajón, depositado en un bote fúnebre, fue desembarcado en las costas de Retiro. La bienvenida estuvo a cargo del ex presidente Sarmiento.
Cargado de flores que le lanzaban, el féretro fue escoltado hasta el monumento del Libertador, en Plaza San Martín. Luego de un emocionante discurso del presidente Avellaneda, el cajón fue colocado en una carroza fúnebre (réplica de la que transportó el cuerpo de Wellington a la Catedral de Londres en 1852). El cortejo marchó por la calle Florida hasta la Plaza de Mayo y el ataúd fue depositado en la nave central de la Catedral Metropolitana.
El pueblo le rindió tributo durante veinticuatro horas. Al día siguiente, a las dos de la tarde, se lo ubicó en el mausoleo. Suele decirse que los restos de San Martín yacen en el exterior del perímetro de la Catedral, en una capilla construida afuera de la nave central, porque era masón; dando a entender que la Iglesia no aceptaba que descansara bajo su custodia. Raro comentario, si se tiene en cuenta que los despojos del Libertador estuvieron en Notre-Dame de Boulogne, la iglesia parroquial de Brunoy y las catedrales de El Havre, Montevideo y Buenos Aires. Sí, en cambio, resulta curioso la forma en que ha quedado dispuesto el ataúd.
El tamaño del cajón era grande para el espacio asignado en el mausoleo. Por ese motivo, el féretro que contiene el cuerpo embalsamado del prócer, y que hoy reclaman las ciudades de Yapeyú y Mendoza, fue colocado en forma inclinada, de la manera que la vemos en la ilustración que fue publicada por el Instituto Nacional Sanmartiniano en 1947. Así se mantiene desde el 29 de mayo de 1880.