En tales circunstancias conoció al coronel Juan Domingo Perón, con quien inició una relación íntima y se casó en 1945. Este mismo año, Perón fue destituido de sus cargos de la secretaría de Trabajo y de la vicepresidencia de la nación y confinado en la isla de Martín García. Entonces mostró Eva su gran energía y carisma para conectar con los sectores nacionalistas del ejército afines a su marido y con los trabajadores, que se habían beneficiado de las medidas sociales impulsadas por Perón desde su puesto.

La campaña de agitación social que emprendió Evita culminó el 17 de octubre, cuando miles de trabajadores, a los que ella llamó «descamisados», ocuparon el centro de Buenos Aires para exigir la libertad del político, en una de las mayores manifestaciones populares habidas en el país hasta entonces.
Una vez liberado, Perón se presentó a las elecciones de febrero de 1946 y obtuvo un rotundo triunfo. A pesar de la popularidad de que gozaba, ella no aceptó ningún cargo oficial y prefirió impulsar una política social desde la presidencia de una fundación que llevaba su nombre. Financiada con fondos públicos, la Fundación Eva Perón repartió ayudas sociales a los más necesitados.

Evita y Juan Domingo Perón
Evita, como habían comenzado a llamarla las clases populares, se convirtió en el rostro humano del régimen y en el enlace del presidente con las organizaciones obreras, principalmente la Confederación General del Trabajo (CGT). Su particular preocupación por la situación de la mujer la llevó a fundar en 1949 el Partido Peronista Femenino y a promover desde él medidas orientadas a una mejor integración de la mujer en el mercado laboral.
Gracias a su intervención, la legislación laboral articulada durante la primera presidencia del general Perón se tradujo en unas mejores condiciones de vida de los trabajadores y de los sectores hasta entonces marginados de la sociedad argentina. Tampoco permaneció ajena a la situación del pueblo español, y en 1947 viajó a España, en los peores momentos del aislamiento internacional del régimen de Francisco Franco. Su visita estuvo precedida por la concesión del gobierno peronista al régimen español de un crédito millonario para la compra de trigo, maíz, carne, legumbres, etc.

En 1951, año en que publicó su autobiografía La razón de mi vida, la CGT la postuló como candidata a la vicepresidencia. Sin embargo, la propuesta topó con la férrea oposición de las Fuerzas Armadas, que veían en ella una amenaza en su calidad de portavoz de la línea más radical y reivindicativa del peronismo. Por otro lado, la propia Eva era reacia a aceptar cargos públicos, convencida de que la eficacia de su labor estaba en la proximidad de su relación con la gente. Además, el conocimiento de la grave enfermedad que la aquejaba la indujo a renunciar a la candidatura en un emotivo acto en el que se dirigió a la multitud desde el balcón de la casa de gobierno.
Su muerte significó el inicio de la decadencia del régimen peronista, que tres años más tarde fue derrocado por un golpe militar. Para evitar el peregrinaje popular a su tumba, los militares secuestraron y trasladaron el cadáver de Eva Perón a Italia y más tarde a España. En 1975 el gobierno argentino (presidido por la que había sido la tercera esposa del general, Isabel Martínez de Perón) llevó de nuevo a Argentina los restos mortales de Eva Perón.